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中國科學院武漢病毒研究所始建于1956年，是專業從事病毒學基礎研究及相關技術創新的綜合性研究機構，同時擁有中國唯一一個p4（生物安全最高等級）生物實驗室，入選中國科學院知識創新工程，為湖北省暨武漢微生物學會和中國免疫學會青年工作委員會的掛靠單位。

中國科學院武漢病毒研究所針對人口健康、農業可持續發展和國家與公共安全的戰略需求，依托高等級生物安全實驗室團簇平臺，重點開展病毒學、農業與環境微生物學及新興生物技術等方面的基礎和應用基礎研究。

據2020年8月研究所官網顯示，研究所設有5個研究中心，共設有34個研究學科組；在讀研究生325人；在職職工268人；擁有2個博士后科研流動站，2個一級學科博士點，4個二級學科博士點（一級學科覆蓋），2個一級學科碩士點，4個二級學科碩士點（一級學科覆蓋），1個專業學位碩士點。

1956年，中國科學院武漢微生物研究室設立。

1961年11月，中國科學院武漢微生物研究室改名為中南微生物研究所。

1962年10月，中南微生物研究所改名為武漢微生物研究所。

1966年，中國科學院的地方分院撤消后歸屬湖北省領導。

1970年，改名為湖北微生物研究所。

1978年，科技大會前回歸中國科學院，改名為中國科學院武漢病毒研究所。

2002年，進入中國科學院知識創新工程序列。

2003年，進行一三五規劃。

2004年11月，經國家科技部批準立項建設病毒學國家重點實驗室；實驗室主管部門為國家教育部，依托單位為武漢大學和中國科學院武漢病毒研究所。

2012年1月，研究所中國病毒資源中心獲得中國質量認證中心批準，獲得了ISO9001：2008質量管理體系認證書、ISO14001：2004環境管理體系認證證書、GB/T28001-2001職業健康安全管理體系認證證書。 [7]  6月，中國科學院武漢病毒研究所鄭店科研園區動物實驗中心投入運行。

2012年，成立武漢病毒所公共技術服務中心，由分析測試中心、BSL-3實驗室、實驗動物中心、放射性同位素實驗室、網絡信息中心組成。

2014年，開展大科學中心率先行動計劃。

2015年1月，中國首個生物安全防護等級最高的實驗室——中國科學院武漢國家生物安全實驗室（即武漢BSL-4實驗室）建成。  12月，被評為湖北省文明單位。

2018年1月，武漢國家生物安全四級實驗室（BSL-4實驗室）通過國家驗收。

2016年7月，武漢病毒所舉行病毒學與生物安全綜合實驗研究基地奠基儀式。